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財政部臺北國稅局表示，藥局除銷售依醫師處方箋調劑之藥品不課徵營業稅外，如銷售一般商品，仍應依法課徵營業稅。
該局說明，依加值型及非加值型營業稅法第1條規定，在我國境內銷售貨物或勞務，應依法課徵營業稅。又同法第3條第2項但書及同法施行細則第6條規定，執行業務者提供其專業性勞務非屬營業稅課稅範圍；藥局銷售依醫師處方箋調劑藥品之調劑費及藥品費，因屬主持藥師、藥劑生之執行業務所得，尚無課徵營業稅問題。惟藥局如兼營其他藥品、美容保養品、保健食品或母嬰用品等貨物之銷售，與一般營業人無異，應依法課徵營業稅。
該局舉例說明，甲藥局原為專營藥品調劑業務，尚無課徵營業稅問題，免辦理稅籍登記。嗣後甲藥局為滿足消費者之藥妝保健、妊娠育嬰等多元需求，遂轉型為複合式藥妝店，除原有藥品調劑業務外，同時銷售成藥、美容保養品、保健食品、嬰兒奶粉及紙尿褲等貨物，爰甲藥局應即向稅捐稽徵機關辦理稅籍登記及報繳營業稅。
該局提醒，藥局如有銷售藥品調劑以外之貨物，而尚未辦理稅籍登記者，應即向所轄稅捐稽徵機關申請補辦，並依稅捐稽徵法第48條之1規定，向稅捐稽徵機關補報並補繳所漏稅款，可加息免罰。
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