財政部臺北國稅局表示，營業人承包工程，應按工程款開立統一發票及報繳營業稅，不得以工程款抵付逾期罰款而免開立統一發票。
該局說明，依加值型及非加值型營業稅法（以下簡稱營業稅法）第16條第1項規定，銷售額為營業人銷售貨物或勞務所收取之全部代價，包括營業人在貨物或勞務之價額外收取一切費用，並應依同法第32條第1項規定，依營業人開立銷售憑證時限表規定之時限，開立統一發票交付買受人。又依營業稅法「營業人開立銷售憑證時限表」規定，包作業承包工程係以工程合約所載每期應收價款時開立統一發票，倘發生逾期完工而被處罰款，被處罰款與依限開立發票係屬二事，不得以工程尾款抵付逾期罰款而免除開立統一發票及報繳營業稅之義務。
該局舉例說明，甲公司承包乙公司水電工程，完工後依約尚有工程尾款（含稅）新臺幣（下同）350萬元未請款，又甲公司因逾期完工被處罰款100萬元，其以工程尾款抵付，實際收款250萬元(350萬元-100萬元)，由於被處罰款與依限開立發票係屬二事，甲公司仍應依規定就工程尾款部份開立350萬元統一發票予乙公司，不得逕以其抵付差額250萬元開立統一發票。
該局呼籲，請營業人自行檢視，倘有短漏開立統一發票、短漏報銷售額情事者，在未經檢舉、未經稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查前，依稅捐稽徵法第48條之1規定，主動向所轄稽徵機關自動補報並補繳所漏稅額，可加息免罰。
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